009と007は日本の雪山で天使と遭遇する。天使には009の加速装置も効かず、007が連れ去られてしまう。世界各地にいる仲間たちを集め、猿人のいた村へ向かうのであった。そこで、009たちは、天使の意図を知る。彼らは、人類を創造した創造主であり、出来の悪い人類を見て、人類を造り替えようとしていた。009たちの能力をはるかに超えた天使達と戦うべきなのか…、009たちは苦悩する。そして、彼らは天使たちとの戦いを決意するのであった。